Il territorio del nuovo Parco e Area contigua dell'Alta Val Borbera è parzialmente compreso nella Zona Speciale di Conservazione (ZSC) denominata "Massiccio dell'Antola, monte Carmo, monte Legnà": sono tutte ZSC istituite a norma della Direttiva Habitat che concorrono alla realizzazione della rete Natura 2000, una rete ecologica europea di siti individuati a scopo di salvaguardare la biodiversità in Europa. La ZSC dell'Alta Val Borbera si trova a un'altitudine compresa tra 600 e 1.669 metri e occupa parte del settore di testata del Torrente Borbera, corrispondente ai bacini idrografici del torrente Agnellasca e Gordenella, delimitati approssimativamente dalla linea di cresta che partendo dal Monte Porreio (1.533 m) arriva alla Cima dell'Erta (1.020 m), passando per le cime del Monte Legna (1.669 m), del Monte Carmo (1.640 m) e del Monte Antola (1.597 m). Il paesaggio è quello tipico di valli appenniniche formatesi su matrice calcarea relativamente tenera: ciò ha permesso la formazione sia di crinali a forme arrotondate ma anche di ripidi versanti, localmente interessati da fenomeni calanchivi. Il Sito è l'unico esempio in Piemonte di ambiente silvo-pastorale di tipo mediterraneo montano che permette la compresenza di vegetazione a inclinazione mediterranea in mosaico con quella microterma (che vive a basse temperature) e dalla presenza in alcuni impluvi di specie arboree di mesofile. Un esteso e continuo manto boschivo occupa più di tre quarti della superficie. La vegetazione forestale si compone in prevalenza di faggete, localizzate alle quote più elevate dei versanti, quindi di castagneti, ostrieti, cerrete e querceti di roverella (Quercus pubescens). Praterie e prato-pascoli risultano frammentati in aree di limitata estensione dove è ancora attiva la pastorizia: se l'attività pastorale e di allevamento è notevolmente ridotta rispetto al passato, l'abbandono dell'agricoltura è da considerare pressoché completo. L'alto valore di biodiversità dell'area Tra gli ambienti inseriti in Direttiva Habitat, il più importante è rappresentato dalle praterie xeriche a Bromus erectus, habitat prioritario poiché ospita un ricco popolamento di orchidee. Tra gli habitat di Direttiva, contraddistinti da buona rappresentatività e buon grado di conservazione, vi sono le brughiere, i megaforbieti, i castagneti e le faggete eutrofiche che risultano essere l'ambiente più esteso. Per quanto riguarda la flora è interessante, alle quote più elevate, la presenza di specie alpine relitte quali Vaccinium gaultherioides, Homogyne alpina, Vaccinium vitis-idaea, Gentiana kochiana. Tra le specie più rare sono segnalate le presenze di Anogramma leptophylla, Aremonia agrimonoides, Corallorhiza trifida, Omphalodes verna, Peucedanum schottii, specie inserite nella Lista Rossa regionale e di Tulipa australis, indicata come vulnerabile nella Lista Rossa italiana. La fauna, invece, si contraddistingue per la presenza di specie rare e localizzate. E' una presenza stabile, da almeno vent'anni, il lupo Canis lupus, monitorato nell'ambito del Progetto Lupo Piemonte dal 2004 al 2012 e che oggi necessita della definizione di un Piano d'azione locale che contempli in dettaglio minacce, interventi gestionali (inclusa la pianificazione e il contenimento indiretto dei danni al bestiame domestico) e la programmazione di attività facenti capo al Centro referenza Grandi Carnivori, del quale l'Ente di gestione delle Aree protette dell'Appennino piemontese risulta partner associato. Sono più recenti, ma altrettanto interessanti, le segnalazioni dell'istrice (Hystrix cristata) mentre i pipistrelli, tutti tutelati dalla Direttiva Habitat, sono presenti con sei specie: barbastella (Barbastella barbastellus), vespertilio di Daubenton (Myotis daubentonii), nottola di Leisler (Nyctalus leisleri), pipistrello nano (Pipistrellus pipistrellus), ferro di cavallo maggiore (Rhinolophus ferrumequinum) e il ferro di cavallo minore (Rhinolophus hipposideros) del quale è presente una piccola colonia riproduttiva di 10-20 femmine in un edificio abbandonato della frazione Chiapparo nel comune di Carrega, conosciuta dal 2012. Per la classe degli anfibi sono presenti alcune specie di interesse comunitario come: la salamandrina dagli occhiali (Salamandrina terdigitata) e la rana italica (Rana italica), la cui presenza in Piemonte è documentata solo in questa ristretta area dell'Appennino alessandrino; il geotritone di Strinati (Speleomantes strinatii) che è altrettanto raro ma presente anche in alcune zone delle Alpi Marittime. Tra i rettili sono presenti altre specie rare: la natrice tessellata (Natrix tessellata), il colubro liscio (Coronella austriaca), il saettone (Zamenis longissimus) L'avifauna conta quattro specie inserite in Direttiva Uccelli: l'averla minore (Lanius collurio), il succiacapre (Caprimulgus europaeus), l'ortolano (Emberiza hortulana) e la tottavilla (Lullula arborea), tutte nidificantti.